Microbiologie et structuration génétique de souches sénégalaise et gambienne de bacillus anthracis

Abstract

La maladie charbonneuse ou Anthrax ou Charbon bactéridien est due à une bactérie de la famille des Bacillaceae, Bacillus anthracis (dénommée Bactéridie charbonneuse par Davaine en 1863) qui a fait l’objet d’une attention particulière au Sénégal, par les importantes pertes économiques occasionnées dans le cheptel ruminant dans certaines zones écologiques plus précisément dans la zone des Niayes. L’objectif principal de cette thèse est axé sur la caractérisation des séquences génomiques de Bacillus anthracis pour des souches sénégalaises et gambienne par comparaison à d’autres souches de référence et sur l’étude du pangénome de Bacillus anthracis, de ces souches, une première du genre après celle trouvée par Tettlin et al., en 2005 à partir du génome de Streptoccocus agalactiae. Des études microbiologiques classiques ont permis l’isolement et l’identification de ces souches de Bacillus anthracis, de même que leur purification et leur conservation à -80°C. Des études moléculaires de ces souches purifiées ont permis de caractériser les séquences génomiques d’espèces originaires du Sénégal et de la Gambie. L’analyse des séquences nucléotidiques par bio-informatique de ces génomes a montré une identité de séquence pour la souche Bacillus anthracis dans les deux pays ciblés. Cette séquence de Bacillus anthracis a été comparée aux souches de référence et est identique à celle obtenue à partir du génome de la souche Sterne (Institut Pasteur de Paris) de la souche CDC 684 (NCBI – USA) et de celle de la H9401 trouvée chez un humain atteint d’anthrax en Corée. Grâce à la méthode MAUVE, les auteurs ont estimé le pangénome de Bacillus anthracis comme disposant de 2893 cores gènes, de 7 gènes uniques et de 85 gènes accessoires et ont pu confirmer sa nature fermée, avec le core génome qui représente 99 p 100 de sa taille totale. Il est envisagé ainsi à partir de ces souches dont les séquences sont connues, la mise au point d’un vaccin recombinant contre la maladie du charbon des ruminants.