Etude de la diversité des salmonelles : Caractérisation phénotypique et sensibilité aux antimicrobiens des isolats d’origine alimentaire et humaine au Niger

Abstract

Les salmonelloses sont des infections bactériennes humaines et animales causées par diverses sérotypes de Salmonella. Le genre Salmonella comprend près de 2610 sérotypes. La proportion de bactériémies dues aux Salmonella en Afrique Subsaharienne aurait considérablement augmenté, récemment. Au Niger l’incidence des gastro-entérites est très élevée. Le taux de mortalité spécifique des maladies diarrhéiques est de 5,14%. La contamination à travers les aliments constitue un des risques potentiels des salmonelloses. L’objectif général de ce travail est d’étudier la diversité phénotypique des Salmonella pour une meilleure prise en charge des bactériémies et des gastroentérites dont elles sont responsables au Niger. Pour ce faire, une analyse bibliographique utilisant le modèle d’estimation de logit a été réalisée sur des revues ayant traité la thématique des Salmonella en Afrique. Des études évaluant la diversité sérotypique et la sensibilité aux antibiotiques ont été menées sur 544 souches dont 69 cliniques, 360 provenant de végétaux et 115 de volaille. Les activités bactéricides in vitro de l’hypochlorite de sodium et des composés naturels (Combretum micranthum; Acacia nilotica et Phyllanthus pentandrus) ont été évaluées sur des souches de Salmonella. Les études prospectives ont montré que 17 sérotypes circulent chez l’homme et les plus répandus sont les sérotypes Paratyphi A (14,75%), Paratyphi B (11,48%), Typhimurim (9,84%) et Typhi (6,56%). La fréquence de Paratyphi A chez les jeunes enfants (<5 ans) était de 50%. Le taux de résistance des souches cliniques aux antibiotiques était élevé. La prévalence des souches de Salmonella isolées de laitue était élevée et atteignait 56% dans certaines Régions. Les sérotypes prédominants étaient Typhimurim (10,57%), Virchow (9,76%) et Paratyphi C (8,13%). La fréquence des Salmonella dans les abats de volaille variaent entre 20% et 69% : les sérotypes prédominants étaient Derby (42,37%), et Hato (15,25%). L’évaluation des activités bactéricides in vitro des composés chimiques et naturels sur des souches de Salmonella a montré que les souches de Salmonella isolées chez l’homme ont été plus résistantes à l’hypochlorite de sodium et que Combretum micranthum et Phyllanthus pentandrus présentent des principes actifs antibactériens. Cette étude a permis de constater une forte prévalence dans les aliments et une résistance élevée aux antibactériens des souches de Salmonella.