Apport de la spectrométrie de masse de type Maldi-Tof dans l’identification des champignons microscopiques et étude de leurs facteurs de risques au Centre Pasteur du Cameroun

Abstract

Le diagnostic des infections fongiques nécessite des techniques successives au laboratoire : le prélèvement, l’examen direct, la culture et l’identification de l’agent pathogène (levures ou champignons filamenteux). Les méthodes classiques d’identification reposent sur des tests phénotypiques lourdes et moins précises. L’objectif de ce travail était de ressortir l’apport de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF dans l’identification au rang de l’espèces les champignons d’intérêt médical. Une étude transversale du 1er Septembre au 31 Décembre 2022 a été menée. Le choix de la technique était fonction de la macroscopie de la colonie. L’identification des levures au rang de l’espèce reposait sur la détermination des caractères biochimiques /enzymatiques par Vitek2 et du profil protéomique par Maldi-Tof ; tandis que les filamenteux (dermatophytes, moisissures) ont été identifiés par l’observation macroscopique/microscopique des éléments de fructification au bleu de Lactophénol et par MALDI-TOF. Le coefficient Kappa était utilisé pour l’évaluation du degré d’accord entre les différentes techniques pour chaque cas. Le seuil de significativité des facteurs de risques étudiés était fixé à une valeur de probabilité P<0,05 Au total, 114 isolats étaient obtenus, incluant 81 levures et 33 filamenteux. L’évaluation du degré de concordance avec les levures montrait une concordance à 69,1% entre les deux techniques avec Candida tropicalis qui occupait la première place à une fréquence de 21%, suivi de Candida albicans 16% et Cryptococcus neoformans à 12,3% ; une discordance à 17,3% entre les deux techniques, 8,6% identifiées uniquement par une seule technique et 5,9% non identifiées par aucune des techniques. Les 33 isolats de filamenteux représentaient 33,3% de dermatophytes et 63,7% de moisissures. L’évaluation du niveau de concordance entre la macroscopie/microscopie et Maldi-Tof vis à vis des filamenteux montrait une faible concordance de 27,3%. La discordance à 51,5% et 18,2% d’isolats non identifiées par Maldi-Tof mais identifiées par macroscopie/microscopie. Huit facteurs de risques étaient associés à l’infection fongique avec P< 0,05. L’dentification au rang de l’espèce est capitale dans le suivi de la résistance des souches aux antifongiques et l’épidémiologie des souches émergentes pour la recherche. La standardisation de Maldi-Tof favorise l’identification à partir des cultures jeunes, une utilisation facile, une capacité pour un nombre important d’échantillon analysé. Le rendu rapide des résultats facilite la prise en charge et améliore le pronostic vital dans les cas de fongémies et de cryptococcose méningée.