Etude de la diversité génétique au sein de la famille de spoligotype Uganda I parmi les souches du complexe Mycobacterium tuberculosis collectées lors du projet CANTAM I

Abstract

La tuberculose (TB) est une maladie infectieuse provoquée par la mycobactérie du genre Mycobacterium. Elle représente l’une des menaces les plus graves pour la santé humaine. Le présent travail de recherche avait pour objectif d’étudier la diversité génétique au sein de la famille de spoligotype Uganda I parmi les souches du complexe Mycobacterium tuberculosis collectées lors du projet CANTAM I par la technique du MIRU-VNTR. Pour réaliser cette étude, 40 souches du CMT issues du projet CANTAM I ont été sélectionnées par convenance. Parmi ces souches, 40% provenaient des femmes (dont 70% séropositives au VIH) et 60% des hommes (dont 30% positifs au VIH). Un taux de résistance aux antituberculeux de 5% a également été noté et tous provenaient des patients de sexe féminin. Après avoir réactivé ces souches, une extraction et une amplification des ADN cibles, une détermination de la taille des amplicons a été faite par la technique de Supply. La diversité allélique, la diversité génétique et l’indice de discrimination ont été calculés et un dendrogramme a été généré à l’aide de l’application web MIRU-VNTRplus. Les diversités alléliques obtenues étaient de h = 0 pour le MIRU 04 qui est monomorphe ; h = 0,49 pour le MIRU 40, h= 0,39 pour le VNTR 43 et h = 0,40 pour le VNTR 48 qui sont de ce fait polymorphes. Les analyses moléculaires ont présenté une diversité génétique moyenne d’une valeur de 42% au sein de la famille de spoligotype Uganda I avec les quatre loci utilisés (MIRU 04, MIRU 40, VNTR 43, VNTR 48). Un taux de clustérisation de 87,5% et un indice discriminatoire de 75,9% ont également étés obtenus. L’arbre phylogénétique généré a donné douze sub-clusters au sein desquels étaient répartis sept grappes constitués de 35 souches et de 5 autres cas isolés présentant des génotypes uniques. Les cas de résistance aux antituberculeux enregistrés étaient répartis dans des sub-clusters différents et par conséquent n’étaient pas liés. Il en ressort qu’il existe bel et bien une variabilité génétique au sein de la famille de spoligotype Uganda I du complexe Mycobacterium tuberculosis. Toutefois, le taux de discrimination observé entre les souches du spoligotype Uganda I de la famille Cameroun peut davantage être élevé en augmentant le nombre de loci les plus discriminants investigués.