Diversité génétique des isolats de Candida tropicalis issus des patients diabétiques et VIH positifs et étude de leur sensibilité aux antifongiques et aux extraits de champignons endophytes de Azadirachta indica A. Juss

Abstract

Candida tropicalis est une levure pathogène couramment isolée chez les Hommes particulièrement les immunodéprimés tels que les patients VIH positifs et diabétiques. Le traitement des candidoses à C. tropicalis inclut des antifongiques qui ont soit des niveaux de toxicité élevés ou qui deviennent de plus en plus inactifs. Une alternative consiste en l’exploitation des métabolites secondaires de champignons endophytes comme antifongiques contre C. tropicalis, associée à l’étude de sa diversité génétique qui pourrait permettre de comprendre comment ce pathogène se propage et résiste aux antifongiques. La présente étude a été entreprise afin de déterminer la diversité génétique des isolats de C. tropicalis chez les patients VIH+ et les diabétiques au Cameroun et étudier leur profil de sensibilité aux antifongiques usuels et aux métabolites secondaires de champignons endophytes isolés de Azadirachta indica. Sur le terrain, les isolats de C. tropicalis ont été identifiés à partir des échantillons de selles, urines, prélèvements vaginaux et buccaux chez des personnes vivants avec le VIH (PVVIH) et des patients diabétiques de l’Hôpital Central de Yaoundé (HCY) et de l’Hôpital Régional de Bafoussam (HRB). Ces isolats ont été séquencés par la technique de typage de séquence multilocus ; puis, leur sensibilité in vitro à divers antifongiques usuels a été effectuée afin d'évaluer si certains génotypes étaient associés à la résistance aux médicaments ainsi que leurs capacités à former le biofilm. Pour pallier au problème de résistance de C. tropicalis, l’activité antifongique des extraits de champignons endophytes de A. indica a été évaluée par la méthode de microdilution en milieu liquide sur C. tropicalis CTCMR15S ainsi que le fractionnement et l’identification des composés présents dans l’extrait d’intérêt. Les résultats ont montré que sur les 2 657 échantillons biologiques collectés, 626 avaient une culture positive à Candida, et 26 C. tropicalis ont été identifiés soit un pourcentage de 5,1%. Le typage moléculaire de ces isolats de C. tropicalis a permis d’identifier 16 génotypes DST (Diploid Sequence Type) avec 14 (87,5%) nouveaux. Il n’existait aucune relation entre ces différents génotypes et le type d’échantillon biologique collecté. Sur les 2 677 nucléotides analysés, 38 allèles (avec 4 nouveaux allèles), 42 (1,5%) sites polymorphes et 50 cas de perte d’hétérozygoties ont été détectés. L’analyse eBURST a révélé la présence de 5 complexes clonaux (CC) avec les CC 63 et CC 64 abondant. Les isolats des CC 7 et CC 63 ont tous été résistants au fluconazole et ont formé de façon significative les biofilms. Pour ce qui est de l’activité antifongique des extraits de champignons endophytes de A. indica, les résultats obtenus ont donné de constater que, des

129 champignons endophytes isolés, 13 ont présenté une activité sur l’isolat de C. tropicalis testé avec des CMI allant de 125 à 500 μg/mL. L'extrait provenant des brindilles de fleur de A. indica (AIbfl11) identifié comme Aspergillus niger était le plus actif avec une CMI de 125 μg/mL. Son action antifongique sur C. tropicalis serait pariétale ou membranaire avec une capacité d’inhiber la formation de biofilm aux doses dépendantes. Par ailleurs, le fractionnement a permis d’obtenir 6 fractions faiblement actives et l’analyse GC-MS de l’extrait d’intérêt (AIBfl 11) a permis la détection de 118 composés avec comme composés majoritaires l'acide acétique, trifluoro-, ester éthylique (6,85%), le 3-butyn-2-ol, 2-méthyl- (3,25%) et l'acide pentanoïque (2,43%). Globalement, cette étude a permis de montrer une variabilité génétique entre les isolats de C. tropicalis sans une quelconque association avec le site de prélèvement ou le type de patient mais avec certains complex clonaux tendant à être résistants au fluconazole. Elle a en plus apporté une voie prometteuse dans le développement d’une thérapie alternative à base d’extraits de champignons endophytes afin d’améliorer la prise en charge des infections à Candida