Effet du déficit hydrique du sol sur les paramètres agro morphologiques et recherche des loci de caractères quantitatifs (QTLs) associés chez les cacaoyers (Theobroma cacao L.) résilients en Côte d’Ivoire.

Abstract

Le cacaoyer (Theobroma cacao L.), arbre diploïde (2n = 20) et principal produit d’exportation de la Côte d’Ivoire, constitue la source majeure de cacao au monde, avec 2 241 000 tonnes produites en 2023. La cacaoculture ivoirienne fait face à des contraintes persistantes, telles que le vieillissement des vergers, les maladies, les ravageurs et les variations pédoclimatiques, parmi lesquelles le déficit hydrique constitue une menace majeure pour la productivité et la durabilité des plantations. Bien que certaines familles d’hybrides présentent des performances élevées et une tolérance partielle aux aléas biotiques, leur réponse au stress hydrique et les loci génétiques associés à cette tolérance restent insuffisamment connus.Cette étude a pour objectif d’évaluer les effets du déficit hydrique sur les caractères agro-morphologiques des cacaoyers, de caractériser les sols des principales zones de production (Divo, Abengourou et Bouaflé), de vérifier la légitimité génétique des familles d’hybrides et d’identifier les loci de caractères quantitatifs (QTLs) associés à la tolérance à la sécheresse. La méthodologie combinait des analyses morpho-pédologiques et hydrodynamiques des sols, une étude génétique des familles d’hybrides à l’aide de 84 marqueurs SNP, une évaluation agronomique sur 15 familles implantées dans les trois zones selon un dispositif split-plot à deux facteurs, et une cartographie des QTLs via GWAS (modèle BLINK, GAPIT) et Bayes C (BGLR) sur 142 génotypes et 1977 SNPs.Les résultats ont montré que les sols de Divo sont les plus fertiles, tandis que Bouaflé présente une faible fertilité. L’analyse génétique a confirmé la parenté des descendants et une diversité allélique favorable à l’amélioration variétale. Sur le plan agronomique, Divo a affiché les meilleures performances, tandis que Bouaflé et Abengourou ont enregistré une augmentation des cherelles avortées et des fèves plates sous stress hydrique. La GWAS a identifié un QTL majeur sur le chromosome 6 (Chr6_19584259, PVE = 45,83 %) associé à la hauteur, et le modèle Bayes C a révélé deux QTLs sur le chromosome 1 liés à la hauteur et au diamètre du collet. Ces résultats offrent une base solide pour la sélection assistée par marqueurs et ouvrent des perspectives pour le développement de cacaoyers résilients au déficit hydrique, contribuant à une production durable et compétitive en Côte d’Ivoire.