Caractérisation moléculaire des souches de rotavirus a humain et animal dans la Region du littoral du Cameroun

Abstract

L’existence de souches circulantes du Rotavirus A (RVA) génétiquement divergentes par rapport à la souche vaccinale est une des principales causes de la faible éfficacité vaccinale observée dans les pays à faible revenu. L’introduction du vaccin Rotarix contre le RVA au Cameroun en mars 2014, n’a pas été précédé d’une étude nationale decrivant les souches circulantes de RVA au Cameroun. La présente étude vise à déterminer les variants génétiques du RVA humain et animal circulant dans la région du Littoral du Cameroun et leurs phylogénies après introduction du Rotarix. Durant la période allant de mai 2015 à avril 2016, des échantillons de selles d’enfants âgés de moins de 5 ans hospitalisés pour gastroentérite, ainsi que des échantillons de fèces de bovins et de caprins souffrants de gastroentérite ont été prélevés dans région du Littoral du Cameroun. La recherche de l’antigène de RVA s’est faite par ELISA et la présence du RVA a été confirmée par RT-PCR en temps réel ciblant le gène NSP3. L’ensemble d’échantillons positifs confirmés ont ensuite été génotypés successivement par (1) la méthode RT-PCR multiplex en temps réel ciblant les gènes VP4, VP7 et les souches vaccinales, (2) RT-PCR conventionnelle ciblant des gènes VP7 et VP4 suivie d’une révélation par électrophorèse puis d’un séquençage de Sanger, (3) nested RT-PCR suivie d’une électrophorèse ou par (4) séquençage de nouvelle génération. L'analyse phylogénétique des séquences VP7 et VP4 a été réalisée par la méthode de « Maximun likelihood » en utilisant le logiciel MEGA 7.0.26. Pour les échantillons humains, le test ELISA a détecté l'antigène du RVA dans 54,6% (71/130) de cas, dont 78,8 % (56/71) cas positifs ont été confirmés par RT- PCR en temps réel. Les combinaisons génotypiques les plus prédominantes étaient G3P[8] (21,4%) suivi de G2P[4] (20%), G1P[8] (14,3%) et G3P[6] (14,3%) avec la présence d’une combinaison mixte atypique G2P[4]P[8] (3,6%). Chez les animaux, 44% (59/134) de positifs ont été détectés par RT-PCR en temps réel. Aucun génotype n’a pu être déterminé par les différentes méthodes de RT-PCR réalisées. Le séquençage de nouvelle génération a déterminé les combinaisons de génotypes suivantes G10P[11] (20%), G1P[8] (40%) et G2P[4] (40%). L'analyse des arbres phylogénétiques a révélé que la majorité des souches identifiées avaient une grande similitude de nucléotides avec les souches locales mais différent de la souche vaccinale. Cependant, quatre souches n’étaient pas alignées et pourraient être des cas suspects de transmission zoonotique. Cette étude post-vaccinale révèle les variants génétiques du RVA non couvert par Rotarix chez les enfants âgés de moins de cinq ans, ainsi que chez les bovins et les caprins dans la région du Littoral du Cameroun. La découverte de souches animales connues chez l’homme suggère la possibilité d'une transmission inter-espèce du virus